Tiền thân của Viện là Khoa Răng Hàm Mặt với 2 khu điều trị ngoại trú (Trại 36) và khu nội trú (Trại 52) nằm trong Bệnh viện Chợ Rẫy. Cơ sở hạ tầng được tiếp quản từ khu phẫu thuật tạo hình Barsky được xây dựng trước năm 1975. Do thiết kế không phù hợp nên đã gây không ít khó khăn cho việc chỉnh trang và mở rộng Viện sau này.

Với thời gian, bằng sự nỗ lực không ngừng của mình và nhất là từ khi Đảng và Nhà nước có chủ trương mở cửa đi đôi với xoá bỏ chế độ bao cấp trì trệ thì Viện mới thực sự có điều kiện để củng cố và phát triển. Đây cũng là thời kì mà ngành Răng Hàm Mặt ở các tỉnh, thành phía Nam dưới sự chỉ đạo của Viện đã có một bước tiến nhảy vọt.

Ý thức được trách nhiệm của mình, bằng nguồn vốn tự tạo với sự hỗ trợ của Bộ Y Tế, Bệnh Viện đã từng bước chỉnh trang cơ sở, mua sắm trang thiết bị hiện đại, đi đôi với việc kiện toàn tổ chức các Khoa, Phòng nhằm đáp ứng ngày một đầy đủ chắc năng của một Viện chuyên khoa đầu ngành mà Bộ đã giao phó.

Năm 1990, sau 10 năm thành lập Viện, cơ sở hạ tầng và trang thiết bị vẫn gần như chưa đổi mới được bao nhiêu. Đến cuối năm 1993, toàn viện chỉ có 12 ghế máy Nha khoa hiện đại. Các loại hình điều trị còn đơn giản do thiếu thốn các phương tiện và trang thiết bị nha khoa.

Ngày 15 tháng 5 năm 2003 Viện được thủ tướng chính phủ ký quyết định đổi tên thành Bệnh Viện Răng Hàm Mặt TW  thành phố Hồ Chí Minh và ngày 9 tháng 11 năm 2004, Bộ trưởng bộ y tế đã ký ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của Bệnh viện mà theo đó phạm vi, chức năng, nhiệm vụ càng mở rộng hơn.

Cho đến nay, sau 25 năm kể từ ngày thành lập, nhờ sự cố gắng nỗ lữ của toàn thể cán bộ công nhân viên, có thể nói bộ mặt của bệnh viện đã hoàn toàn thay đổi. Ngoài việc chỉnh trang lại toàn khu nội, ngoại trú và sắp xếp lại các khoa phòng khang trang, đẹp đẽ, Bệnh viện đã xây dựng thêm được một khu nhà 3 tầng với nhìu khoa phòng mới để mở rộng khu nha khoa lâm sàng và khu phẫu thuật Hàm Mặt Tạo Hình. Cải tạo và mở rộng khu tiếp bệnh trung tâm, khoa chuẩn đón hình ảnh và xét nghiệm. Bố trí lại khoa phòng hợp lý hơn để việc tiếp nhận người bệnh càng thuận lợi hơn. Tháng 11 năm 2004 đã tiến hành khánh thành và triển khai khoa Điều Trị Nha Khoa Tổng Quát tại khu nhà mới với 10 ghế nha khoa và trang bị hiện đại có thể giải quyết ngay cho người bệnh trong một lần điều trị.

Phương tiện làm việc của các khoa, phòng được đổi mới toàn bộ. Ghế máy chữa răng và các thiết bị hiện đại sử dụng trong điều trị Nội nha, Nha chu, Chỉnh hình răng mặt, Nha khoa trẻ em...Khoa phục hình được trang bị máy móc tối tân để làm phục hình sứ kim loại và không kim loại, khàm khung liên kết các mắc cài chính xác... Khoa cấy ghép răng đang được thành lập và đang đi vào hoạt động rất hiệu qủa, khoa Nha chu thực hiện đều đặn các thủ thuật lật vạt, ghép nứu, ghép xương..., Khoa răng trẻ em bắt đầu áp dụng hệ thống Nitrous oxide để làm giảm đau khi điều trị răng cho trẻ em. Ngoài các thiết bị chụp toàn cảnh, sọ mặt, Khoa X quang đang được trang bị thêm máy chụp kỹ thuật số hiện đại...

Với trình độ, kỹ năng chuẩn đoán và điều trị của đội ngũ cán bộ công nhân viên ngày càng được nâng cao, phương tiện trang bị hiện đại, cơ sở vật chất khang trang, tiện nghi nên số lượng người bệnh đến bệng viện ngày càng tăng (năm 2002: 74.118 người, năm 2003: 78.346 người, năm 2004: 88.487 người)

Khoa phẫu thuật hàm mặt đổi mới thiết bị gây mê cũng bằng các máy gây mê hiện đại, có 6 bàn mổ và có thể cùng một lúc theo dõi huyết áp, mạch, đo điện tim v.v...

Hệ thống Oxy trung tâm được lắp đặt, tạo điều kiện hồi sức tốt cho người bệnh. Việc áp dụng tia Laser cacbonit được tiến hành nhiều năm nay và mang lại kết qủa rất khả quan.